‘메꽃’의 ‘메’는 ‘메꽃/메꽃의 뿌리’를 이르는 ‘메’이고, ‘메밀’의 ‘메’는 역사적으로 ‘산(山)’의 고유어인 ‘뫼’와 관련이 있는 것으로 봅니다. "표준국어대사전"이 ‘메꽃’과 ‘메밀’의 어원 정보를 ‘메꽃＜멧?＜←메+-ㅅ+?’, ‘메밀＜모밇＜←뫼+밇’과 같이 제시하고 있는 점도 참고하시기 바랍니다. 한편, 곡식을 나타내는 몇몇 명사 앞에 붙어 ‘찰기가 없이 메진’의 뜻을 더하는 접두사 ‘메-’가 붙어 만들어진 말로 ‘메조’, ‘메벼’가 있습니다.
출처: 국립국어원