'직무 대리(職務代理)'는 사전에 법률 전문 용어로 실려 있지만, '직무 대행'은 실려 있지 않습니다. 이러한 사전 정보를 참고할 때, '직무 대리'는 '해당 관청이 직무를 행사하지 아니하고 다른 사람으로 하여금 대신 행사하게 하는 일'이라는 뜻을 나타내는 경우에 쓸 수 있겠고, '직무 대행'은 '직무'와 '대행'의 뜻을 고려하여 '대신하여 직무를 행함./대신하여 직무를 행하는 사람.'이라는 뜻을 나타내는 경우에 쓸 수 있겠습니다.
출처: 국립국어원