2010년 연말정산 소득공제시 주택자금공제내역중 부당공제가 있었음을 최근(일주일이내)에 연락받았습니다.
주택자금공제내역과 주택보유 상황은 다음과 같습니다.
1. 2003년 장기주택마련저축 가입시 무주택자였음.
2. 저축 만료시기인 2010년 10월에는 1주택을 보유한 상태.
3. 2010년 11월에 1주택을 추가 보유하여 2주택 보유자가 됨.

2010년 연말정산시 간소화서비스상에 제공되는 내용만 신고했으며 추가로 요청한 바 없음.
당시 이 부분에 대해 장기주택마련저축이 종료된 이후라서 '2주택 보유시 소득공제 해당없음'을 인지하지 못한 것은 인정하나,
2013년 9월 현재 이에 대한 부당공제된 부분을 납부하되 가산세까지 징수한다고 합니다.
과다공제 내역이 존재했다면 최소한 2011년에 알렸어야 했으며 그랬다면 그 즉시 해결할 수 있었으나
3년이 지난 지금 시점에 징수하여 가산세까지 부과하여 통보하는 것에 대해 납득되지 않는 점이 있습니다.
자료소명확인서를 제출하라고 했는데, '과다공제를 인정하여 수정신고'할 경우에도 가산금을 적용하는 건지요? 근무처의 해당급여담당자는 가산금까지 계산된 금액으로 통보되었다고 했는데, 그렇다면 소명확인서로 수정신고하는 것은 어떤 의미가 있는 것인지요?
가산세라고 하면 일괄가산금인지 미납기간에 비례한 가산금인지도 궁금합니다.

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안녕하십니까?
국세행정에 관심을 갖고 문의해 주셔서 깊이 감사드립니다.


갑작스런 통보로 많은 심려를 끼쳐드려 죄송합니다.
올해 연말정산 부당공제 점검을 통해 2008년 귀속년도부터 연말정산 공제 내역에 오류가 있는 근로자에게 사업장을 통해 수정신고 안내문이 일괄발송되었습니다.

우선 법령과 규정에 따라 업무를 처리해야하는 공무원으로서 주어진 법령 등에 따라 설명드릴 수 밖에 없는 점 양해부탁드립니다.

종합소득세에 대한 국가 과세권은 무신고한 경우 7년, 과소신고한 경우 5년의 과세권이 존재하며 당초 신고내역 등에 오류가 있는 경우 이를 경정하여 고지할 수 있고, 또한 당초 오류에 대해 가산세를 부과하도록 되어있습니다. 이는 단순한 실수로 인한 신고 오류에 대하여도 예외없이 부과되는 것입니다.

연말정산과다공제분 수정신고 시 기본적으로 적용되는 가산세에는 과소신고납부세액의 10% 적용되는 과소신고가산에와 과소신고납부세액의 0.03%에 미납일수를 적용하여 계산되는 납부불성실가산세가 있습니다.

조금 더 빠르게 오류사실을 알려드렸으면 납부불성실가산세가 경감될 수 있었겠지만 이는 국세청이 일부러 오류사실을 알면서도 그동안 알려오지 않은 것이 아니고 이번 연말정산 부당공제를 점검하면서 확인된 사항입니다. 앞으로 근로자의 연말정산 오류에 대해 빠르게 확인할 수 있는 업무처리 방법을 연구하여 제안하도록 하겠습니다.

수정신고방법에는 국세청에서 마련한 수정신고서식(자료소명확인서)을 회사에 제출하면 회사에서 근로자 연말정산을 재정산하여 관할 세무서에 수정신고하는 방식과 근로자가 직접 연말정산 수정신고하는 방식이 있습니다.  고객님이 문의하신 자료소명확인서에 의한 수정신고의 의미는 공제내역에 오류가 없을 시에 회사를 통하여 소명하는 방법으로 판단됩니다.

연말정산 오류에 대해 수정신고할 때 혹시 공제 누락된 항목이 있는지 확인해보시고 공제 누락항목이 확인되면 이를 적극 반영하여 드리겠습니다.

기타 세법과 관련된 궁금한 사항은 세미래 콜센터(국번없이 126번) 또는 국세청 홈페이지(http://www.nts.go.kr)를 이용하실 수 있습니다.

고객님께 항상 건강과 행복이 함께하기를 기원합니다.
감사합니다.

    담당부서 : 국세청 중부지방국세청 고양세무서 납세자보호담당관 (☎ 031-900-9213)
    관련법령 :
소득세법제80조(결정과 경정) 
소득세법제81조(가산세) 
국세기본법제47조의3(과소신고·초과환급신고가산세) 
국세기본법제47조의4(납부불성실·환급불성실가산세) 

출처: 국민신문고

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