1901년 제주섬. 바닷가에 들러 꽃보다 예쁜 숙화(심은하 분)를 보는 것도 잠깐, 대정군의 군수 채구석의 통인(심부름꾼) 이재수(이정재 분)의 발걸음은 더욱 바빠졌다. 일부 천주교인들의 행패와 지독한 세금 때문에 고통당하고 굶어 죽어가는 제주민의 울부짖음에 채군수(명계남 분)는 양반들로 구성된 ‘상무사’라는 비밀조직의 만들어 방법을 찾고자 했던 것이다. 천주교를 비난하는 방을 붙인 유생 오신락. 교회당으로 끌려가 양반의 신분으로 평민 교인들로부터 지독한 고문을 당한 후 치욕을 못이겨 목을 매 자살을 하고 만다.
연이어 악질 교인 최제보가 마을 양반 오대현 좌수의 첩을 겁탈하는 사건이 일어난다. 대정군수 채구석은 최제보를 양반을 능멸한 죄로 처벌한다. 그러나 죄를 묻는 자리에서도 천주교리의 평등사상을 들먹이는 최제보. 교인들은 최제보를 치죄한 이재수를 포함한 채구석의 부하들에게 보복, 이제 관권까지 드러내고 무시하는 사태가 벌어지고 만다. 상무사 유생들은 드디어 비상회의를 소집, 창의(倡義)를 결의하고 급기야 제주민들을 명월진에 집결시킨다. 부패한 조정의 봉세관(封稅官) 강봉헌(여균동 분)와 조선의 법과 전통 유교사상을 무시하는 프랑스 신부들에 대한 규탄을 목적으로 한 평화적 민회, 마지막 희망을 걸고 모여들기 시작한 제주민은 그 수를 헤아릴 수 없었다.
두려워진 교인들은 마침내 화해를 청하고, 내일의 평화에 대한 기대 속에 모두가 오랜만에 깊히 잠든 밤. 예고없는 교인들의 기습, 그 피구름의 가운데 이재수는 서 있었다. 장두로 나섰던 오대현 좌수와 지도부 6인이 끌려가고, 민당 두 명이 죽음을 당한다. 분노가 극에 달한 사람들. 어차피 굶어죽는 판, 차라리 싸우다 죽겠노라 결전을 각오한다. 그리고 자신들을 이끌어 줄 새로운 장두를 기다린다. 무릇 난이 끝나면 모든 것을 책임지고 목을 내어놓는 것이 민란의 장두 운명. 아무도 감히 나서지 못하는 자리, 평민의 신분으로 이재수가 장두에 나선다. 사랑하는 숙화를 남겨두고 다시 돌아오지 못할 먼길을 떠나는 재수. 채군수는 성난 민당들이 진을 치고 프랑스신부와 교당들이 제주성과 대치하고 있는 황사평을 향해 간다. 한 때 자신의 부하였던 이재수가 있는 곳으로. 채군수 역시 그들의 고통에 같이 울지만 조선의 녹을 먹는 관리. 어쨌든 이 난을 멈추어야 했다. 황사평에 도착한 채군수. 자신의 옛 상전 앞에 머리를 숙이는 이재수. 그러나 이미 그는 채군수의 것도 혹은 이재수의 자신의 것도 아니었다. 다만 저 밖 분노의 시선에 찬 수많은 민중들의 장두였다.
이재수는 신부와 교인들이 숨어있는 제주성을 포위하고, 악질 교인 5명의 목숨과 교폐와 세폐를 시정할 것을 요구한다. 굳게 닫힌 성문을 사이에 두고 대치하고 있는 양 진영. 마침내 이재수와 민당들을 향해 총알이 날아온다. 신부들이 가진 양총은 너무도 멀리, 정확히 날아와 성난 민당들의 가슴에 꽂혔다. 분노는 분노를 낳고, 피는 피를 부른다. 성밖에 남아있던 교인들과 그의 가족까지 볼모로 잡아 처형하는 이재수. 울부짖는 교인들의 가족을 앞세우고, 신부와 교인들의 양총에 맞서 제주성으로 진군하는 이재수와 민다. 교인으로 몰려 모두 죽는다는 두려움에 성주민들은 성문을 열라고 울부짖는다. 그러나, 프랑스 군함이 오기만을 기다리며 성문을 지키는 신부와 교인들. 전투가 계속되면서 성벽 위 교인들은 불안에 떨고 분노에 찬 민당들은 교인들을 하나씩 하나씩 죽인다. 이재수는 가슴에 묻고 있었던 숙화와의 약속을 생각하지만 불길은 이제 누구도 막을 수 없을 정도로 타오르고 있다. 이재수는 제주성을 함락시키고 성안에 진입한다. 그러나 프랑스 함대는 이미 제주도를 향하고 있었다. 조선 정부로부터 세폐와 교폐를 시정하겠다는 약속을 받아낸 이재수. 스스로 목을 바친다. 이제는 그 붉었던 핏빛 겨울이 지나고 보리이삭이 필 무렵. 굶어 죽으나 싸우다 죽으나 마찬가지라며 따랐던 수많은 백성들과 아직 연을 다 맺지 못한 연인 숙화를 남기고. 까마귀 한 마리가 동대문 밖에 높이 걸린 이재수의 머리 위에 앉아 세상을 물끄러미 바라본다.