안녕하세요?와 "안녕하십니까?"는 안부를 전하거나 물을 때에 쓴다는 점에서는 같습니다. 그런데 높임법상, "안녕하세요?"는 상대편을 보통으로 높이는 뜻을 나타내는 종결형인 해요체이고, ‘"안녕하십니까?"는 상대편을 아주 높이는 종결형인 합쇼체라는 차이가 있습니다. 참고로 말씀드리면, '해요체'는 비격식체이고, '합쇼체'는 격식체인데, '비격식체'는 표현이 부드럽고 주관적인 느낌을 주고, '격식체'는 의례적으로 쓰며 표현은 직접적, 단정적, 객관적입니다.
출처: 국립국어원