''눈곱''이 맞습니다. 그렇지만 ''눈곱''과 ''눈꼽''이 사용된 실제 예들을 인쇄물에서 찾아보면 ''눈꼽''이 오히려 더 많이 나올 정도로 혼란이 많습니다. ''눈곱''이 ''눈꼽''으로 발음되기 때문에 아무 의심 없이 발음대로 표기해서 혼란이 있는 것으로 보입니다.
''눈곱''은 기원적으로는 ''눈''과 ''곱''이 결합한 말입니다. 원래 ''곱''은 단독으로 동물의 지방(脂肪)을 가리키던 말입니다. 나중에 의미가 확대되면서 눈에서 나오는 진득진득한 즙액이 말라붙은 것을 가리킬 때도 쓰이게 되었습니다. 눈의 곱, 즉 ''눈곱''이 된 것입니다. ''눈곱''은 16세기 문헌인 《훈몽자회(訓蒙字會)》에서도 이미 예가 나올 정도로 쓰임이 오래된 말입니다. 이처럼 독자적인 의미로 사용되던 ''곱''은 지금도 사전에 올라 있지만 "부스럼이나 헌데에 끼는 골마지 모양의 물질"이라는 의미로만 올라 있습니다. 그렇지만 아직도 ''눈에 곱이 끼었다''처럼 ''곱''을 독자적인 단어로 인식한 용법을 간혹 볼 수 있습니다. 그렇다면 ''눈곱''이 ''눈''과 ''곱''의 합성어라는 인식이 아직도 있다고 볼 수 있습니다.
그렇다고 ''눈곱''을 ''눈꼽''으로 발음하는 것이 잘못된 것은 아닙니다. ''눈''과 ''곱'' 사이에 사이시옷이 있어 ''눈곱''이 ''눈꼽''으로 발음되는 것으로 볼 수 있기 때문입니다. 이런 경우 현행 맞춤법에서는 사이시옷을 밝혀 적은 ''곱''과 같은 표기를 인정하지 않기 때문에 표기에는 반영이 되지 않습니다. 그렇지만 발음에서는 인정합니다. 《표준어》 제2 부 〈표준 발음법〉 제28 항에 "표기상으로는 사이시옷이 없더라도, 관형격 기능을 지니는 사이시옷이 있어야 할(휴지가 성립되는) 합성어의 경우에는, 뒤 단어의 첫소리 ''ㄱ, ㄷ, ㅂ, ㅅ, ㅈ''을 된소리로 발음한다."라고 되어 있습니다. 이 규정 다음에 몇 개의 예가 제시되었는데 그중에 ''눈-동자[눈똥자]''가 있습니다. ''눈곱''도 ''눈동자''와 같은 구성이므로 ''눈꼽''으로 발음하는 것입니다.
출처: 국립국어원