안녕하세요
전남 광양시에 있는 00아파트입니다.
비영리사업자로 아파트 관리에 따른 제비용은 연간 4억3천만원 정도 입니다.

입주민들의 자금인 장기수선충당금, 퇴직충당금 등의 자금을 은행에 예치하여 전년도에 2천5백8십만원 정도 이자수익이 발생하여 은행에서 법인세 14%를 원천징수한 3백6십만원 정도를 올 3월에 비영리사업자 법인세 환급 신청으로 환급을 받았습니다.

다름이 아니오라,
만약 이자수익 외 단지 내 공유 1인(유치원)이 입주민들의 공유부분을 사용할 경우 공유 1인(유치원)에게 사용료(연 240만원)를 받을 시 원천 징수된 법인세 환급 여부가 궁금합니다. 자세히 알려주시면 감사하겠습니다.

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국세행정에 깊은 관심을 기울여 주심에 감사드립니다.

비영리법인의 이자소득에 대하여는 당해 법인의 고유목적사업 또는 지정기부금을 지출하기 위하여 이자소득에 상당하는 금액(100%)을 고유목적사업준비금으로 손금계상하고 이자소득에 대한 법인 원천세를 환급받는 종합과세 신고납부 방법과, 이자소득 등을 법인세 과세표준에  산입하지 않고 원천징수에 의한 분리과세로 납세의무가 종결되는 분리과세 원천징수방법 중 하나를 선택할 수 있습니다.
귀 법인의 경우 종합과세 신고납부 방법을 선택하여 법인세 신고를 한 것으로 판단되며, 이 경우 이자소득 외에 타 소득이 발생하는 경우에도 이자소득과 각사업연도 소득을 합산하여 법인세 과세표준과 세액을 신고하여 원천징수로 납부한 세액을 환급받을 수 있습니다.

다만, 신고기한 내에 법인세 과세표준신고를 하지 아니한 경우에는 원천징수 방법에 의하여 납세의무가 종결되므로 수정신고나 기한후 신고 또는 경정 등의 방법에 의한 납부세액 환급이 불가하니 이점 유념하시기 바랍니다. 

기타 세법과 관련된 궁금한 사항은 세미래 콜센터(국번없이 126번) 또는 국세청 홈페이지(http://www.nts.go.kr)를 이용하시면 많은 도움이 되실 것입니다.

다시 한번 국세행정에 대한 관심에 깊은 감사를 드리며, 건강과 행운이 항상 함께 하시길 
기원 드립니다.
    담당부서 : 국세청 광주지방국세청 순천세무서 납세자보호담당관 (☎ 061-720-0214)
    관련법령 :
법인세법제29조(고유목적사업준비금의 손금산입) 
법인세법제62조(비영리내국법인의 과세표준 신고 특례) 

출처: 국민신문고

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