‘바라요’는 ‘바라-(어간)+-아(종결 어미)+요(보조사)’의 구성이고, ‘해요’는 ‘하-(어간)+-여(종결 어미)+요(보조사)’의 구성입니다. ‘바라-(어간)+-아(종결 어미)+-요(보조사)’의 ‘-아’는 끝 음절의 모음이 'ㅏ, ㅗ'인 용언의 어간 뒤에 붙는 종결 어미이고, ‘하-(어간)+-여(종결 어미)+-요(보조사)’의 ‘-여’는 '하다'나 '하다'가 붙는 용언의 어간 뒤에 붙는 종결 어미입니다.
그런데 모음 'ㅏ, ㅓ'로 끝난 어간에 ‘-아/-어’가 어울릴 적에는 준 대로 적고, '하여'가 한 음절로 줄어서 '해'로 될 적에는 준 대로 적습니다. 이에 따라 ‘바라-+-아+요’는 ‘바라요’로, ‘하-+-여+요’는 ‘해요’로 적습니다.(관련 규정 : '한글 맞춤법' 제4장 제5절 제34항, 제34항 붙임 2)
출처: 국립국어원